Ответственность за несвоевременное предоставление отчетности ООО на ОСНО

Здравствуйте! Расскажу кратко: фирма ООО на ОСНО в 2015 году деятельность не вела, но были деньги на расчетном счете - уставный капитал. Ежемесячно списывалось за обслуживание счета. Сдавалась упрощенной декларация по НДС и прибыли. Потом как выяснилось - надо было сдавать по прибыли простую декларацию с указаниями убытков, сейчас в 2016 г. была 1 раз получена выручка. После этого (получив разъяснения и рекомендации) были сданы первичные декларации за 3 и 4 кв 2015 г. и 1 и 2 кв 2016 г, с учетом убытков прошлых лет и начислений налогов за этот период. Возможно и это тоже не правильно. Но сейчас пришло письмо из налоговой с требованием явиться для составления протокола об административном правонарушении за несвоевременное представление отчетности. Но по факту получается, что Упрощенные формы сдавались вовремя. Что нужно сделать в этой ситуации чтобы минимизировать последствия? У ООО уже было нарушение сроков отчетности в размере 1000 руб. Надо ли вообще что то писать в налоговую, объясняться, когда пойдем в указанное время к ним на суд?

Если писать разъяснение, то как? В произвольной форме? Например, "из за отсутствия опыта и своего недопонимания сдавалась отчетность не по нужной форме..."?
сроки то были выдержаны..